Je všeobecně známo, že naše gymnázium založil českobudějovický biskup Miloslav Vlk za vydatné pomoci tehdejšího generálního vikáře Václava Dvořáka.
První žáky osmiletého studia přivítala naše škola v září roku 1990. Rozjezd to byl ve velkém stylu, protože gymnázium otevřelo a naplnilo hned čtyři třídy. Škola ale neměla v té době vlastní prostory a v „bytové“ nouzi pomohl českobudějovický magistrát. Ten zapůjčil třídy v Základní škole Nová a v Základní škole Suché Vrbné. Tehdejší ředitel gymnázia Vojtěch Janda tedy neměl své „ovečky“ pod jednou střechou. V následujícím školním roce již gymnázium vedl Zdeněk Dvořák a škole přibyly další dvě nové třídy osmiletého studia a jedna třída čtyřletého studia. Magistrát města opět pomohl a tentokráte uvolnil hned sedm tříd, pro změnu v ZŠ Rožnov. Celé gymnázium tedy čekalo stěhování, ale všechny třídy byly alespoň pohromadě. Jenže jen jeden rok. Ve školním roce 1992/93 se situace s umístěním školy stala mimořádně komplikovanou. Přibyly tři nové třídy, dvě česko-německé pětiletého studia a jedna třída čtyřletého studia. Kde gymnázium v tomto roce sídlilo? Z dnešního pohledu je to až neuvěřitelné. Považte. Zůstaly třídy v ZŠ Rožnov a navíc přibyly učebny v Dominikánském klášteře (dnešní ZUŠ), dále škola využívala i budovu Kongregace bratří nejsvětější Svátosti (dnešní Vysoká škola evropských a regionálních studií) a uvolnilo se druhé patro našeho současného gymnázia. Škola tedy měla celkem pobočky na čtyřech místech v různých částech města. Klobouk dolů před panem ředitelem Dvořákem a pedagogy, kteří museli přebíhat o přestávkách mezi jednotlivými budovami. Pomalu se ale začal blížil rok 1995 a začalo se blýskat na lepší časy.
Rok 1995 byl rokem zlomovým v historii našeho gymnázia, protože škola konečně získala důstojnou budovu. Zasloužily se o to sestřičky boromejky, které ji škole darovaly. Sestřičky, ještě jednou děkujeme. Jak již bylo v minulých dílech popsáno, prostory v Jirsíkově ulici dříve sloužily pro městskou základní školu, které se od nepaměti říkalo sirotčinec. Konečně byla celá škola pohromadě a učitelé nemuseli přejíždět mezi jednotlivými částmi školy.
Získaná budova byla ovšem ve špatném stavu, prostory nesplňovaly hygienické standardy, a proto bylo nutné přikročit k radikální rekonstrukci. Vybudovala se nová sociální zařízení, třídy dostaly nové podlahy a opravily se elektrické rozvody. Současně s tím se prováděly i nezbytné úpravy školní jídelny a domova mládeže. Škola tak mohla nabízet výuku, stravování i ubytování v jednom komplexu v centru města. Gymnázium ale stále zvyšovalo svou kapacitu, a tak byly vytvořeny nové učebny v nevyužitém podkroví. Součástí této etapy bylo i vybudování nové školní kaple, kam byla symbolicky umístěna kopie obrazu patronky našeho města Panny Marie Budějovické. Škola tím získala i potřebný prostor pro slavnostní události.
Významným rokem pro naše gymnázium byl školní rok 2002/03, kdy byla škole udělena akreditace pro šestileté studium. Zažádat o tuto formu studia bylo od minulého vedení školy téměř vizionářský krok, protože v tomto směru jsme získali v Českých Budějovicích exkluzivitu.
O rok později se povedlo ve spolupráci se španělským velvyslanectvím otevřít tzv. bilingvní španělské studium.
Dalším zlomovým krokem byl rok 2017, kdy díky operačním programům IROP byly získány finanční prostředky pro využití podkrovních prostor nad internátem. Díky této dotaci bylo možné postavit dvě moderní učebny pro výpočetní techniku, sklad chemikálií, nové kabinety a škola se stala bezbariérovou. Stinnou stránkou této akce bylo to, že jsme připravili velké množství netopýrů o jejich přirozené bydlení. Do školních chodeb se tak dostaly stovky těchto živočichů a pracovníci zoologické zahrady z Hluboké u nás prováděli pravidelně odchyt. Nakonec jsme vše zvládli a učebny byly zkolaudovány a netopýři si našli nové bydliště.
O rok později za vydatné finanční pomoci našeho zřizovatele se podařilo ve škole rozšířit počet učeben o další tři, které vznikly v místech tzv. školnického bytu. Úkolem každé školy je nejenom mladé lidi vzdělávat, ale také jim nabídnout možnost smysluplného trávení volného času.
V roce 2019 se podařilo založit Dům dětí a mládeže při Biskupském gymnáziu. V současné době tak nabízíme „našim žákům“ na třicet různých kroužků a to zdarma. Od stejného školního roku si mohou studenti dělat řidičské průkazy na automobil v naší vlastní autoškole, a to za velmi výhodných finančních podmínek.
Významným rokem pro biskupské gymnázium byl rok 2021, kdy byla založena vlastní základní umělecká škola. V současné době je kapacita ZUŠ 180 žáků a vyučují se zde následující nástroje: klavír, varhany, housle, klarinet, saxofon, flétny zobcové a příčné a kytara.
Posledním významnou událostí bylo získání akreditace pro nový obor pedagogické lyceum. Každý rok od září 2026 je v plánu otevírat dvě třídy o celkové kapacitě 48 žáků v každém ročníku. Pedagogické lyceum bude sídlit v prostorách Kongregace bratří Nejsvětější Svátosti v Žižkově ulici. Tyto prostory se začínají rekonstruovat, čehož se ujal zřizovatel naší organizace Biskupství českobudějovické.
