Žáci vstupují na gymnázium po absolvování sedmého ročníku základní školy a po úspěšném složení přijímacích zkoušek z českého jazyka a matematiky. Vstupní znalosti španělštiny se nevyžadují.
V 1. a 2. ročníku gymnázia probíhá intenzivní výuka španělského jazyka (10, resp. 11 hodin týdně), s českým i španělským vyučujícím. Cílem je zvládnutí jazyka na základní úrovni včetně osvojení základních komunikačních dovedností (gramatika, výslovnost, slovní zásoba, syntax). V učebním plánu je zahrnuta i angličtina ve 2 hodinové dotaci.
Ve 3. ročníku se španělština vyučuje v rozsahu 4 hodin týdně (opět český i španělský učitel) a nadto dochází k posílení hodin dalšího cizího jazyka, angličtiny, na 4 hodiny týdně. Během tohoto ročníku se studenti seznamují se základy stylistiky a předpokládá se četba španělsky psaných textů. Od 3. ročníku probíhá výuka dějepisu, zeměpisu, matematiky, fyziky a chemie ve španělském jazyce. Hodiny jsou vedeny převážně rodilými mluvčími.
Ve 4. a 5. ročníku se předmět španělský jazyk a literatura vyučuje v rozsahu 4 hodin týdně, hodiny jazyka jsou zaměřeny na zdokonalování a upevňování znalostí, dochází k rozšiřování slovní zásoby, hodiny literatury jsou zaměřeny na jednotlivé historické etapy včetně intenzivní četby beletrie a periodik. I v tomto období probíhá výuka druhého cizího jazyka (4 hodin týdně) a ve španělštině je nadále vyučován dějepis, zeměpis, matematika, fyzika a chemie.
V 6. (posledním) ročníku je cílem úspěšné zvládnutí maturitní zkoušky, španělština je vyučována v rozsahu 6 hodin týdně. Anglický jazyk i nadále v rozsahu 4 hodin týdně, ve španělštině je rovněž i dějepis, zeměpis, matematika a fyzika. Dále si studenti volí předměty dle orientace na budoucí studium.
Na konci šestého ročníku skládají studenti maturitu v této podobě:
Během studia mají studenti možnost absolvovat krátkodobé pobyty ve španělsky mluvících zemích, nadto má Biskupské gymnázium dlouholetou spolupráci s výměnnými pobyty Rotary Klubu v zemích Latinské Ameriky.
Studenti vyšších ročníků mají možnost skládat mezinárodně uznávanou zkoušku DELE příslušné úrovně.